सीबीआई ने न्यायालयात मानले की, शीना बोराच्या जळालेल्या हाडांचे अवशेष मिळाले नाही. बॉम्बे सेशन न्यायालयामध्ये सुनावणी दरम्यान सीबीआई पुरावे सादर करू शकली नाही. सीबीआई कंकाल मधील काही हाडे न्यायालयात सादर करणार होती. या हाडांच्या आधारावर जे जे रुग्णालयाचे एनाटॉमी विभागचे सहायक प्रोफेसर साक्षीदार बनणार होते, कारण मिळालेल्या बोन पार्टची त्यांच्यासमोरच चौकशी झाली होती. पण शीनाच्या हाडांचे अवशेष गायब झाल्यामुळे त्यांचा जबाब रद्द करण्यात आला.
हाडे गायब झाल्याचे कारण, आता पर्यंत तीन वेळेस या प्रकरणाची सुनावणी रद्द झाली. आता या प्रकरणाला 27 जून पर्यंत स्थगित कारणात आले आहे. यामध्ये मुख्य आरोपी इंद्राणी मुखर्जी कडून न्यायालयाला सुनावणी लवकर करा अशी विनंती करण्यात आली आहे. आता या प्रकरणात प्रश्न निर्माण झाला आहे की, शीना बोराच्या हाडांचे जे अवशेष मिळाले होते. ते सीबीआय ला का मिळत नाही आहे.