मुंबई उच्च न्यायालयाच्या 7 एप्रिलच्या निर्णयाला आव्हान देणाऱ्या महाराष्ट्र सरकारने दाखल केलेल्या याचिकेवर सर्वोच्च न्यायालयाच्या न्यायमूर्ती बेला एम. त्रिवेदी आणि न्यायमूर्ती प्रसन्ना बी. वराळे यांनी हा आदेश दिला. शिंदे यांच्या कोठडीतील मृत्यूप्रकरणी उच्च न्यायालयाने पाच पोलिसांविरुद्ध एफआयआर नोंदवण्याचे आणि मुंबईचे सह पोलिस आयुक्त (गुन्हे) लखमी गौतम यांच्या देखरेखीखाली विशेष तपास पथक स्थापन करण्याचे आदेश दिले होते.
उच्च न्यायालयाच्या निर्देशात बदल करत, सर्वोच्च न्यायालयाने म्हटले आहे की महाराष्ट्राचे डीजीपी एक एसआयटी स्थापन करतील जी तपास सुरू ठेवेल. महाराष्ट्राकडून बाजू मांडणारे सॉलिसिटर जनरल तुषार मेहता म्हणाले की, एसआयटीच्या स्थापनेला राज्याचा कोणताही आक्षेप नाही परंतु ती डीजीपींच्या देखरेखीखाली स्थापन करावी. सर्वोच्च न्यायालयाने म्हटले आहे की, जर तक्रारदाराला काही तक्रार असेल तर तो संबंधित कनिष्ठ न्यायालयात जाऊ शकतो.