17 वर्षांच्या खटल्यानंतर 31 जुलै रोजी, विशेष एनआयए न्यायालयाने कर्नल प्रसाद पुरोहित यांची निर्दोष मुक्तता केली. विशेष एनआयए न्यायाधीश ए.के. लाहोटी यांनी सांगितले की, आरोपींना दोषी ठरवण्यासाठी विश्वसनीय पुरावे सादर करता आले नाहीत. न्यायालयाने म्हटले की, सरकारी वकिलांना संशयापलीकडे आपला खटला सिद्ध करण्यात अपयश आले.
2008 च्या मालेगाव बॉम्बस्फोट प्रकरणातील आरोपी प्रसाद पुरोहित हे लष्करात कार्यरत आहेत. महाराष्ट्र एटीएसने दावा केला आहे की 2006 मध्ये अभिनव भारत संघटनेच्या स्थापनेत प्रसाद पुरोहित यांची भूमिका होती. या संघटनेच्या माध्यमातून बॉम्बस्फोटांसाठी निधी उभारण्यात आला होता. पुरोहित यांच्यावर स्फोटांचा कट रचण्यासाठी अनेक बैठकांमध्ये सहभागी झाल्याचा आरोपही होता.
