29 सप्टेंबर 2008 रोजी मुंबईपासून सुमारे 200 किमी अंतरावर असलेल्या मालेगाव येथील एका मशिदीजवळ मोटारसायकलमध्ये ठेवलेल्या स्फोटकांमुळे झालेल्या स्फोटात सहा जण ठार झाले आणि 100 हून अधिक जखमी झाले. शनिवारी सरकारी वकिलांनी त्यांचे अंतिम लेखी युक्तिवाद दाखल केले, त्यानंतर खटल्याची सुनावणी संपली. यानंतर विशेष न्यायाधीश ए.के. लाहोटी यांनी खटला 8 मे पर्यंत निर्णयासाठी तहकूब केला.
त्यांच्याविरुद्ध कोणतेही पुरावे सापडले नाहीत आणि त्यांना या प्रकरणातून निर्दोष सोडण्यात यावे, असे म्हटले होते. तथापि, एनआयए न्यायालयाने साहू, कलसांगरा आणि टाकळकी यांना निर्दोष मुक्त केले आणि साध्वी प्रज्ञा ठाकूर यांना खटल्याला सामोरे जावे लागेल असा निर्णय दिला.