२००८ च्या मालेगाव बॉम्बस्फोट प्रकरणात एनआयए न्यायालयाने निकाल देताना प्रज्ञा साध्वी सिंह ठाकूरसह सर्व आरोपींना निर्दोष सोडले. या निर्णयानंतर शिवसेना खासदार श्रीकांत शिंदे यांनी काँग्रेसवर निशाणा साधला आहे. हा निर्णय काँग्रेसच्या तोंडावर चापट आहे असे ते म्हणाले. त्यांनी पक्षाला 'भगवा दहशतवाद' या विधानाबद्दल माफी मागण्याची मागणी केली. त्यांनी काँग्रेसशी युती करण्याबरोबरच हिंदुत्वाची तत्वे आणि बाळ ठाकरेंचे आदर्श सोडून दिल्याबद्दल शिवसेना युबीटीवर हल्लाबोल केला.
शिंदे म्हणाले, "प्रज्ञा सिंह ठाकूर, कर्नल पुरोहित आणि इतरांविरुद्ध चुकीचा खटला दाखल करण्यात आला. हे का घडले? हे घडले कारण भारताने पाकिस्तान पुरस्कृत दहशतवाद पाहिला आणि तो लपविण्यासाठी काँग्रेसने भगव्या दहशतवादाचा मुद्दा उपस्थित करण्यास सुरुवात केली." श्रीकांत शिंदे म्हणाले की १७ वर्षांनंतर न्यायालयाने त्यांना निर्दोष मुक्त केले. हा काँग्रेसच्या तोंडावर चापट आहे आणि त्यांनी माफी मागावी." ठाण्यातील कल्याण मतदारसंघातील लोकसभा सदस्य म्हणाले की, स्फोटाच्या वेळी काँग्रेस सत्तेत होती आणि आता शिवसेना (युबीटी) ने त्यांच्यासोबत युती केली आहे.
