24 सप्टेंबर रोजी झालेल्या हिंसाचारात चार जणांचा मृत्यू झाला होता आणि 90 जण जखमी झाले होते. वांगचुक यांच्यावर निदर्शकांना चिथावणी दिल्याचा आरोप आहे. त्यांच्या अटकेनंतर, खबरदारीचा उपाय म्हणून लेहमध्ये मोबाईल इंटरनेट सेवा बंद करण्यात आल्या आहेत.
पोलिसांनी शुक्रवारी दुपारी2:30 वाजता वांगचुक यांना ताब्यात घेतले. त्यानंतर त्यांना अटक करून राजस्थानमधील जोधपूर तुरुंगात पाठवण्यात आले. केंद्रीय गृहमंत्रालयाने लेह हिंसाचारासाठी वांगचुक यांना जबाबदार धरले होते. तथापि, वांगचुक यांनी आरोप फेटाळून लावले होते.
या मागण्यांसाठी वांगचुक 10 सप्टेंबरपासून उपोषण करत होते, परंतु हिंसाचार उसळल्यानंतर त्यांनी ते मागे घेतले. भाजप कार्यालयाला आग लावण्यात आली आणि अनेक वाहने जाळण्यात आली. लेहमध्ये संचारबंदी कायम आहे आणि पुढील सूचना मिळेपर्यंत शाळा आणि महाविद्यालये बंद ठेवण्यात आली आहेत.