राजपुत्र असल्यामुळे रणांगणावरील मोहिमा आणि राजकारणातील डावपेच यांचे बाळकडू त्यांना लहानपणापासूनच मिळाले. संभाजी महाराजांच्या आई, महाराणी सईबाईंचे निधन महाराज लहान असतानाच झाले. त्यानंतर पुण्याजवळील कापूरहोळ गावची धाराऊ पाटील गाडे ही कुणब्याची स्त्री त्यांची दूध आई बनली. संभाजीं महाराजांचा सांभाळ त्यांची आज्जी राजमाता जिजाबाई यांनी केला. त्यांच्या सावत्र आई, पुतळाबाई यांनी देखील त्यांच्यावर खूप माया केली. केशवभट आणि उमाजी पंडित यांनी संभाजी राजेंना उत्तम शिक्षण दिले.
मुघल दरबारातील घडामोडी आणि राजकारण त्यांना लहान वयातच कळले तर त्याचा त्यांना भविष्यात उपयोग होईल या विचाराने शिवाजी महाराजांनी त्यांना आग्रा भेटीच्या वेळी बरोबर नेले. त्यावेळी संभाजीराजे ९ वर्षाचे होते. शिवाजी महाराज कैदेतून निसटल्यानंतर स्वराज्यापर्यंतची धावपळ संभाजी राजांनी सोसू नये आणि त्यामुळे त्यांना काही काळ सुरक्षित ठिकाणी ठेवणे गरजेचे होते. त्यामुळे शिवाजी महाराजांनी त्यांना मोरोपंत पेशव्यांच्या मेहुण्याच्या घरी मथुरेला ठेवले. मुघली सैनिकांचा संभाजी राजांच्या मागचा ससेमिरा थांबवण्याच्या उद्देशाने शिवाजी महाराजांनी संभाजीराजांचे निधन झाल्याची अफवा पसरवून दिली. ते महाराष्ट्रात पोहोचल्यानंतर काही काळाने संभाजी महाराज सुखरूपपणे स्वराज्यात येऊन पोहोचले.
अर्थ: छत्रपती शिवरायांचे पुत्र छत्रपती संभाजी महाराज यांची ही राजमुद्रा जणू काही स्वर्गीय तेजाने तळपत आहे, आकाशाप्रमाणे अमर्याद आहे. या राजमुद्रेच्या आश्रयात प्रत्येक माणूस, प्रत्येक प्राणिमात्र महाराजांच्या छत्रछायेखाली असेल. छत्रपतींच्या या राजमुद्रेपेक्षा कोणीही श्रेष्ठ नाही.
संभाजी राजेंनी वयाच्या अवघ्या चौदाव्या वर्षी बुधभूषण हा ग्रंथ लिहिला. तीन भागांतील बुधभूषण या ग्रंथात काव्यालंकार, शास्त्रे, संगीत, पुराणे, धनुर्विविद्या यांचा अभ्यास केल्याचा उल्लेख आहे. तसेच राजा आणि त्याचे गुण, राजाचे मदतनीस, राजाचे सल्लगार, राजाची कर्तव्ये, राजसभा, मुख्य प्रधान राजपुत्र, त्यांचे शिक्षण, त्यांची कर्तव्ये, कोश, दुर्ग, सैन्य, हेर, नोकर, वगैरेंची माहिती दिली आहे.
१६८९ च्या सुरवातीला छत्रपती संभाजी राजेंचा मेहुणा गणोजी शिर्के आणि औरंगजेबाचा सरदार मुकर्रबखान यांनी संगमेश्वरवर हल्ला केला तेव्हा मराठ्यांचे संख्याबळ कमी असल्यामुळे संभाजी महाराजांना जिवंत पकडण्यात मोघलांना यश आले. संभाजीराजे आणि कवी कलश यांना औरंगजेबापुढे बहादुरगड येथे नेण्यात आले जेथे संभाजीराजांनी धर्मांतर केल्यास जीवदान देण्याची अट औरंगजेबाने घातली होती. मात्र, संभाजी राजेंनी त्याला स्पष्टपणे नकार दिला.