गजानन महाराज यांचा जन्म कधी झाला हे माहीत नाही परंतु ते पहिल्यांदा त्यांच्या तरुण वयात शेगावात माघ महिन्यात वद्य सप्तमी दिवशी अर्थातच शके 1800 म्हणजेच 23 फेब्रुवारी 1878 रोजी सर्वप्रथम प्रकटले. या दिवशी सुमारे 30 वर्षाचे गजानन महाराज दिगंबरावस्थेत प्रथम दृष्टीस पडले. त्या वेळी ते देवीदास पातुरकरांच्या मठाबाहेर उष्ट्या पत्रावळीतील शिते उचलून खात होते आणि गाईगुरांना पिण्यास ठेवलेल्या ठिकाणचे पाणी पित असताना बंकटलाल अग्रवाल यांना सर्वप्रथम दृष्टीस पडले.
त्यांचे भक्त ही तिथी गजानन महाराज प्रकट दिन म्हणून साजरी करतात. सुमारे 32 वर्षे गजानन महाराजांनी भक्तजनांना येथून मार्गदर्शन केले. “गण गण गणात बोते” हा त्यांचा आवडता मंत्र ज्याचा ते अखंड ते जप करित. हे अहर्नीश त्यांचे भजन चालत असे त्यामुळे भक्तांनी त्यांना श्री गजानन महाराज हे नाव दिले. ह्या मंत्राचा अर्थ असा आहे की जीव आणि ब्रह्म हे एकच आहेत आणि त्यांना निराळे समजू नये.
गजानन महाराजांना झुणका भाकरी, मुळ्याच्या शेंगा, हिरव्या मिरच्या, अंबाडीची भाजी, पेढे, खिचडी, पिठीसाखर आणि चहा अतिशय आवडत असत. कधी कधी ते अमर्यादपणे खायचे तर कधी तीन-चार दिवस उपाशी राहावे अशी त्यांची रीत होती. भक्तांकडून येणार्‍या ताटात पक्वान असो भाकरी आणि ठेचा असो ते प्रसन्न भावाने सेवन करयाचे. भक्ताच्या आग्रह खातीर त्यांनी चिलीम ओढण्यास सुरुवात केली असली तरी त्यांना चिलीम ओढण्याचीही फारशी सवय नव्हती. ते क्वाचितच चिलीम ओढायचे.
असे म्हणतात की एके दिवस बाल दिगंबर अवस्थेतील गजानन महाराज अक्कलकोटला स्वामी समर्थाच्या आश्रमात पोहचले. तेव्हा अक्कलकोट स्वामी भक्तांना उपदेश करीत असताना त्यांनी बाल गजानन यांना ओळखून सिध्दपुरुष होण्याचा आशिर्वाद दिला. तेव्हा बाल गजानन स्वामींच्या आश्रमी राहिले. अशा प्रकारे स्वामींनी बाल गजानन यांना आध्यात्मिक ज्ञानाचे धडे दिले आणि नंतर त्यांना नाशिकला देव मामलेदारांकडे जाण्यास सांगितले व त्यानंतर आकोटला नरसिंग महाराजाकडे आणि तेथून शेगावला जाऊन भक्तांचा उध्दार करावा व तेथेच देह सोडावा असे सांगितले.
गजानन महाराज यांची सहा फुटी सडसडीत शरीरयष्टी, रापलेला तांबूस वर्ण, तुरळक दाढी व केस, वस्त्रविहीन शरीर आणि गुडघ्यापर्यंत पोचणारे हात अशी देहचर्या होती. पाय अनवाणी आणि महाराजांची अशी मूर्ती अचानक एखाद्याच्या घरात लगबगीने जात असे. अंगणात किंवा ओसरीवर मुक्काम करत मनाला पटेल इतक्या दिवस राहून पुढील मुक्काम गाठत असे.
गजानन महाराजांनी देवाकडे जाण्याचे तीन मार्ग सुचविले ते म्हणजे कर्ममार्ग, भक्तिमार्ग आणि योगमार्ग. हे तीन मार्ग जीवात्म्याला आत्मज्ञान प्राप्त करून देतात असे महाराजांनी सांगितले. महाराज आपल्या भक्तांसोबत वारीच्या निमित्ताने दरवर्षी पंढरपूर येथे जात असत. तसेच नाशिक-त्र्यंबकेश्वर येथेही नित्यनेमाने जात होते.
ब्रह्माचे पूर्णपणे ज्ञान झालेले महाराज जीवनमुक्त संत होते म्हणूनच ते बहुश: दिगंबर अवस्थेतच असत. कोणी अंगावर शाल पांघरल्यास मनात असेल तोपर्यंत ठेवत नंतर फेकून देत असत. महाराजांनी पादत्राणे कधीच वापरली नाहीत. त्यांना कोणतीही उपाधी पटत नसत. महाराज हे परमहंस संन्यासी होते आणि त्यांनी स्वत:च्या ह्या संन्यासाश्रमाचा उच्चार अनेक वेळा करुनही दाखविला आणि त्याचप्रमाणे त्यांनी परमहंस संन्याश्याच्या रुपाने आपल्या भक्तांना दर्शन ही दिले. या सर्वांचा श्रीगजाननविजय ह्या पोथीमध्ये उल्लेख आलेले आहेत.
भक्तांचा उद्धार करुन जेव्हा गजानन महाराजांना कळले की त्यांच्या अवतार समाप्तीची वेळ आली आहे तेव्हा त्यांनी हरी पाटलासोबत पंढरीला जाऊन देवाकडे विरह सहन होत नसल्याचे म्हटले. त्यांचा मानस पंढरीलाच समाधी घेण्याचा होता परंतु विठ्ठलाच्या आज्ञेने त्यांनी शेगावलाच समाधी घेण्याचे ठरविले. ऋषिपंचमीचा पुण्यदिनी ही त्यांनी भक्त हजर असताना समाधी घेतली. समाधी घेण्यापूर्वी महाराजांना सुवासिक द्रव्ये लावून अभ्यंग स्नान घालण्यात आले होते तसेच सुवासिनींनी त्यांची पूजा करून मंगलारती ओवाळली होती.
समाधीच्या मिरवणुकीत गजानन महाराजांचे भक्त सहभागी झाले होते आणि भक्तांनी शृंगारित रथात ठेवलेल्या महाराजांच्या देहावर अबीर, गुलाल, फुले, तुळशी आणि पैसे उधळले. संपूर्ण शेगावातून मिरवणूक पहाटे मंदिरात आल्यावर महाराजांवर पुन्हा अभिषेक करण्यात आले.
त्यांचा देह शास्त्रात सांगितल्यानुसार उत्तराभिमुख असा समाधीच्या जागी ठेवण्यात आला. अखेरची आरती ओवाळली गेली आणि मीठ, अर्गजा, अबीर ह्यांनी भरली. सर्व भक्तांनी एकच जयजयकार केला, "जय गजानना | ज्ञानांबरीच्या नारायणा | अविनाशरूपा आनंदघना | परात्परा जगत्पते ||" आणि शिळा लावून समाधीची जागा बंद केली गेली.
महाराजांनी 8 सप्टेंबर 1910 रोजी ऋषिपंचमीच्या दिवशी शेगाव येथे समाधी घेतली. म्हणून महाराजांचे भक्त ऋषीपंचमी हा दिवस त्यांची पुण्यतिथी म्हणून पाळतात.
गजानन महाराज यांचे जीवन वर्णन करणारा ग्रंथ श्री. दासगणू महाराज यांनी लिहिला. या ग्रंथाचे नाव "श्री गजानन विजय" असे आहे.
श्री गजानन महाराजांचे मंदिर शेगावाच्या मधोमध असून मंदिर काळ्या पाषाणाचे आहे. श्रींची समाधी मंदिराच्या गुहेत असून वरच्याबाजूला राम, लक्ष्मण आणि सीता यांच्या मूर्तीची स्थापल्या आहेत. पंढरपूर येथे प्रतिवर्षी शेगावहून आषाढी वारीला गजानन महाराजांची पालखी जाते.
