मंदिरेही भाविकांसाठी खुली होणार असल्याने विमानसेवा सुरू होणे गरजेचे होते. त्यादृष्टीने विमानतळ विकास प्राधिकरणाने शिर्डी विमानतळाची विमाने सुरू करण्याचा निर्णय घेतला आहे. स्पाईसजेट व इंडिगो एअरलाईन्स सुरुवातीला दिल्ली, हैदराबाद आणि चेन्नई याठिकाणची विमानसेवा सुरू करणार आहे. १० ऑक्टोबर रोजी सकाळी ११.३० वाजता दिल्लीहून शिर्डी विमानतळावर पहिले विमान दाखल होईल. तर हेच विमान दुपारी १२.३० वाजता दिल्लीला रवाना होईल. दुपारी २.३० वा. हैद्राबादहून शिर्डी विमानतळावर विमान उतरेल तर पुन्हा दुपारी ३ वाजता हैद्राबादला रवाना होईल.