पहलगाम हल्ल्याच्या तपासाची जबाबदारी गृह मंत्रालयाने राष्ट्रीय तपास संस्थेकडे (एनआयए) सोपवली आहे, त्यानंतर तपासाची गती वाढत आहे. एनआयएची टीम घटनास्थळी पोहोचली आहे आणि लोकांची सतत चौकशी करत आहे. तसेच, सापडलेल्या पुराव्यांचीही तपासणी केली जात आहे.
मिळालेल्या माहितीनुसार, दहशतवाद्यांचा शोध घेण्यासाठी सर्व प्रवेश आणि निर्गमन बिंदूंवर विशेष पाळत ठेवली जात आहे. याशिवाय, संपूर्ण परिसर सील करण्यात आला आहे आणि सापडलेल्या पुराव्यांची फॉरेन्सिक तपासणी केली जात आहे. यासोबतच तज्ज्ञांचा सल्लाही सतत घेतला जात आहे. या प्रकरणाच्या तळाशी जाण्यासाठी, एनआयए टीम कॉल रेकॉर्ड आणि सोशल मीडिया क्रियाकलापांसारख्या डिजिटल पुराव्यांवर देखील लक्ष ठेवून आहे.
एनआयएच्या पथकाने जम्मू आणि काश्मीर पोलिसांकडून घटनेशी संबंधित प्राथमिक तपास अहवाल, पुरावे आणि केस डायरी मागितली होती, ज्याची सध्या बारकाईने चौकशी सुरू आहे. या घटनेचा प्रारंभिक तपास जम्मू आणि काश्मीर पोलिसांकडून केला जात होता. परंतु या हल्ल्यामागे मोठ्या शक्तींचा हात असण्याची शक्यता लक्षात घेता, नंतर गृह मंत्रालयाने ते एनआयएकडे सोपवले.