शंकराचार्य म्हणाले की साई बाबा गोमांस खायचे आणि फातिया वाचत होते. शिर्डीच्या ट्रस्टने हिंदू लोकांची फसवणूक करून 13 अब्ज रुपये कमावले असून महाराष्ट्र सरकारने ट्रस्टला 1300 एकर जमीन देखील दिली. येवढेच नव्हे तर त्यांनी म्हटले की 'सबका मालिक एक है', ही साईची नव्हे तर गुरुनानक यांची वाणी होती. साई मुस्लिम असल्यामुळे त्यांची मूर्ती हिंदू मंदिरात ठेवणे योग्य नाही.