त्यांचा जन्म 14 मे 1657 रोजी पुरंदर किल्ला, पुणे येथे झाला. रणांगणावरील मोहिमा आणि राजकारणातील डावपेच यांचे बाळकडू त्यांना लहानपणापासूनच मिळाले. संभाजीराजांच्या आई, सईबाईंचे निधन राजे लहान असताना झाले. त्यांची आजी जिजाबाई यांनी त्यांचा सांभाळ केला.
अनेक ऐतिहासिक नोंदींप्रमाणे संभाजीराजे अत्यंत देखणे आणि शूर होते. तसेच ते अनेक भाषेत विद्याविशारद व अत्यंत धुरंधर राजकारणी होते. 16 जानेवारी 1681 रोजी संभाजीराजांना राज्याभिषेक झाला. ते राजकारण आणि रणांगण यात तरबेज झाले होते. ते प्रजाहित दक्ष होते. येसूबाई या त्यांच्या पत्नी होत्या. त्यांनी नऊ वर्षे उत्तम राज्यकारभार केला.