एमडीआरला ट्रान्झॅक्शन फी असंही म्हटलं जातं. ही रक्कम कार्ड जारी करणारी संस्था वसूल करते. मोठे मॉल, दुकान आणि हॉटेल हा चार्ज स्वतः भरतात. तर छोटे दुकानदार हा पैसा ग्राहकांकडून वसूल करतात. एमडीआरमध्ये बँक किंवा वित्तीय संस्था मिळालेल्या रकमेपैकी काही पैसा छोट्या दुकानदारांना देतात. त्यामुळे याला मर्चंट डिस्काऊंट रेट म्हणजे व्यवसायिकांना देण्यात येणाऱ्या रकमेतील कपात असं म्हटलं जातं.
एक जानेवारीपासून सबसिडी देण्याची व्यवस्था लागू होईल आणि पुढील दोन वर्षांपर्यंत ती सुरु असेल. बँक किंवा पेमेंट करणाऱ्या संस्थेला ही सबसिडी दिली जाईल. यामुळे ग्राहक आणि दुकानदारांवर कोणताही अतिरिक्त आर्थिक ताण पडणार नाही. यामुळे डिजिटल व्यवहारांना चालना मिळणार आहे.