तसेच भुजबळ यांनी मुख्यमंत्री देवेंद्र फडणवीस यांना लिहिलेल्या पत्रात म्हटले आहे की, रेल्वे मंत्रालय आणि राज्य सरकारने सिन्नर, संगमनेर, नारायणगाव, मंचर, राजगुरुनगर आणि चाकण या मार्गांवर थेट संपर्क कायम ठेवावा. जर प्रकल्प मूळ हेतूनुसार पुढे गेला तर त्याचा आर्थिक फायदा होईल, असे त्यांनी सांगितले. नवीन बांधकामामुळे प्रवासाचे अंतर वाढेल आणि थेट रेल्वे कनेक्टिव्हिटीचा उद्देश कमकुवत होईल.
भुजबळ म्हणाले की, पुणे-नाशिक रेल्वे मार्ग मुंबईच्या उपनगरीय नेटवर्कला बायपास करेल आणि वाढवन बंदराशी जोडेल, ज्यामुळे मालवाहतूक सुधारेल. एमएलसी सत्यजित तांबे यांनीही हीच चिंता व्यक्त केली आणि सांगितले की नवीन मार्गामुळे प्रवासाचे अंतर वाढेल आणि जास्त वेळही लागेल. शिवसेना यूबीटी खासदार राजाभाऊ वाजे यांनीही या बदलांवर नाराजी व्यक्त केली आणि जर मार्ग बदलला तर त्यांना निषेध करण्यास भाग पाडले जाईल असे सांगितले.