सर्वसामान्य वेळापत्रकानुसार वंदे भारत आठवड्यातून सहा दिवस धावणार आहे. कोकणात अतिवृष्टी होत असते. या काळात दरड कोसळण्याची भीती असते. बहुतांश वेळा दरड कोसळून वाहतूक कोलमडली आहे. रेलवे ठप्प झाली आहे. रेल्वेच्या वेळापत्रकाला फटका बसला आहे. पावसाळ्यात धुकेही पसलेले असते. त्यामुळे वंदे भारतला ताशी ८० च्या वेगाने प्रवास करावा लागणार आहे. कमी वेगामुळे वंदे भारत नियोजित वेळेत मुंबईतून कोकणात पोहचू शकणार नाही. हे सर्व लक्षात घेऊन कोकण वंदे भारताचे तात्पूरते वेळापत्रक तीन दिवसांचे ठेवण्यात आले आहे.
मुंबई कोकण वंदे भारतचे नियोजित वेळापत्रक सहा दिवसांचे असणार आहे. केवळ शुक्रवारी कोकणातल्या वंदे भारतला सुट्टी असेल. तर पावसाळ्यात मंगळवार, गुरुवार आणि शनिवारी वंदे भारत कोकणात सेवा देईल. वंदे भारत ही या तीन दिवसांना सीएएमटीवरून सकाळी ५.३२ वाजता सुटेल तर १० तासांनी ती मडगावला दुपारी साडेतीनला पोहोचणार आहे. गोव्यावरून परतीच्या प्रवासाला निघताना वंदे भारत ही आठवड्यातून तीन दिवस मंगळवार, गुरुवार आणि शनिवारी सुटणार आहे. मडगावहून ही ट्रेन दुपारी १२.२० वाजता सुटणार आहे. तर सीएमएमटीला ही ट्रेन रात्री १०.२५ वाजता पोहोचणार आहे. पावसाळ्यात मुंबईतून कोकणात जाणाऱ्या वंदे भारतला दहा तास लागणार आहेत. अन्य दिवशी हेच अंतर साडेसात तासांत पूर्ण होणार आहे.