अजित पवार सिंचन घोटाळ्यासाठी जबाबदार आहे असे सांगितले असून त्यामुळे येणाऱ्या काळात पवार यांचा पाय खोलात असणार आहे. महाराष्ट्र गव्हर्नमेन्ट रुल्स आॅफ बिझनेस अॅन्ड इन्स्ट्रक्शनमधील नियम १० अनुसार संबंधित मंत्री त्यांच्या विभागातील सर्व बाबींसाठी जबाबदार आहेत. जेव्हा अजित पवार जल संसाधन मंत्री होते, तेव्हा विदर्भ व कोकण पाटबंधारे विकास महामंडळांतर्गतच्या विविध सिंचन प्रकल्पांमध्ये अनियमितता झाली होती असे चौकशीत स्पष्ट झाले.
मोबिलायझेशन अॅडव्हान्स व अन्य काही वादग्रस्त मंजुरींच्या नोटशिटस्वर पवार यांनी स्वाक्षऱ्या केल्या असून, ११ नोव्हेंबर २००५ रोजी पवार यांनी एका नोटशिटद्वारे ‘विदर्भातील प्रकल्पांच्या कामांना गती देण्यासाठी तत्परतेने निर्णय होणे आवश्यक असल्याने सदरच्या धारिका कार्यकारी संचालकांनी अध्यक्ष यांच्या कार्यालयाकडे सरळ पाठवाव्यात’ असे निर्देश दिले . निर्देश बेकायदेशीर व निर्धारित प्रक्रियेचे उल्लंघन करणारे होते. त्यामुळे संबंधित नियम १० अनुसार जल संसाधन विभागाचे प्रभारी म्हणून या अवैध बाबींसाठी पवार हे जबाबदार ठरतात असे प्रतिज्ञापत्रात नमूद करण्यात आले आहे. त्यामुळे आता भुजबळ यांच्या नंतर अजित पवार हे लक्ष्य होणार आहेत.