लोया यांचा मृत्यू १ डिसेंबर २०१४ रोजी हृदयविकाराच्या झटक्याने झाला होता. त्यांच्या एका सहकाऱ्याच्या मुलीच्या लग्न समारंभात सहभागी होण्यासाठी ते नागपूर येथे गेले असताना ही घटना घडली होती. न्या. लोया हे सीबीआयच्या विशेष न्यायालयाचे न्यायमूर्ती होते. गुजरातमधील सोहराबुद्दीन शेख बनावट चकमक प्रकरणावर ते सुनावणी करीत होते. या प्रकरणात भाजपाचे सध्याचे अध्यक्ष अमित शहा हे आरोपी होते त्यांना आता आरोपमुक्त करण्यात आले आहे. दरम्यान, लोया यांचा मृत्यू संशयास्पद असून त्यांचा घातपात झाला असावा असा संशय काही जणांना व्यक्त केला आहे. त्यामुळेच लोया यांच्या मृत्यूप्रकरणाच्या चौकशीसाठी एसआयटी स्थापन करावी अशी मागणी विविध याचिकांद्वारे सुप्रीम कोर्टात करण्यात आली आहे.